Presiden pertama ZAR , Marthinus Wessel Pretorius telah menamakan bandar ini Pretoria untuk menghargai jasa ayahnya, Komandan Jeneral Andries Pretorius, perwira kumpulan Voortrekkers selepas kemenangannya di pertempuran di Sungai Blood menentang kerajaan Zulu. Oleh sebab Komandan General Pretorius merupakan lambang penindasan bagi kaum kulit hitam, apabila mereka berkuasa pada 1995, mereka memberi nama baru kepada Pretoria iaitu Tshwane. Nama Tshwane adalah sebenarnya nama asal bandar ini sebelum ia dijajah oleh pihak Afrikaner.

Walaupun begitu ramai rakyatnya membantah penukaran nama tersebut. Antaranya termasuklah Jawatankuasa Bertindak Awam Pretoria (PCAC) - yang menggabungkan ahli perniagaan, persatuan sekerja dan organisasi masyarakat - telah membantah penukaran nama bandar Pretoria kepada Tshwane. Kumpulan ini sanggup berkompromi dengan membenarkan Majlis Metropolitan dipanggil Tshwane, manakala alamat pos masih kekal sebagai Pretoria.